一般情况下，小区扣小电车是不合法的。
根据相关法律法规，只有公安机关等具有行政执法权的行政主体，在符合法定情形时才有权扣留车辆。小区物业或保安通常不具备这样的权力，物业的职责是维护小区的秩序和安全，但这并不包括私自扣押业主的小电车。如果小电车在小区内违规停放，物业可以及时联系车主进行移车，或者向相关行政主管部门报告，由行政主管部门依法进行处理。
不过，在某些特定情况下，小区扣小电车可能存在一定的合理性，例如：
- 存在消防安全隐患：如果小电车停放在高层民用建筑的公共门厅、疏散走道、楼梯间、安全出口等位置，违反了《高层民用建筑消防安全管理规定》，且拒不改正，消防救援机构等相关部门有权责令改正，在必要时可能会采取暂扣车辆等措施以消除安全隐患。
- 车主违反小区管理规定且情节严重：如果小区业主大会或业主委员会通过的管理规约中明确规定了对某些违规行为的处理方式，包括暂扣车辆等，且车主的违规行为情节严重，如多次在小区内违规充电、乱停乱放阻碍消防通道等，经多次劝阻仍不改正，在这种情况下，小区管理方在取得业主大会或业主委员会授权后，可能会暂时扣留小电车，但也需遵循合法程序，不能随意侵犯车主的合法权益。
如果小区扣了小电车，车主应先了解扣车的原因和依据，判断其是否合法。如果认为扣车行为不合法，可以与小区管理方协商解决，要求其归还车辆；协商不成的，可以向当地的公安机关、物业管理部门或消费者协会等相关部门投诉，寻求帮助和解决办法。