函馆电车通常不是上车买票，而是上车取整理券，下车买票。具体乘车付费方式如下：
- 使用整理券乘车：上车时从后门附近的机器上取一张整理券，整理券上会显示上车的站名和编号。车内有电子显示屏幕，根据整理券上的编号找到对应的数字，就是需要支付的车钱。下车时，将整理券投入司机旁边的机器，机器会显示车费金额，再把钱投入投币口即可。如果没有取到整理券，下车时告诉司机上车站名，司机会帮忙算出车费。
- 使用交通卡：可以使用suica、pasmo、kitaca等交通卡，上车和下车时分别刷一下卡即可，卡内会自动扣除相应车费，较为方便。
- 购买一日票或多日票：可在函馆站观光咨询处、酒店前台、路面电车上向司机购买市电一日券。一日券票价600日元，购买后用硬币刮开要使用乘车券上的年月日，每次下车前出示给司机看就可以不限次数搭乘电车。
此外，函馆还有一种线上购买的一日票，售价1400日元，线上购买后会有一个凭证，给司机看凭证即可。不过这种线上购票方式在注册会员时可能存在中国邮箱收不到验证码的问题。