外贸企业进项税根据业务情况不同，填写的栏次也不同，具体如下：
- 用于出口退税的进项税额：外贸企业用于出口退税的进项税额，在勾选退税后，应填报在《增值税及附加税费申报表附列资料（二）》待抵扣进项税额的第26栏“本期认证相符且本期未申报抵扣”栏次。
- 用于内销的进项税额：
- 外贸企业购进内销货物取得的增值税专用发票，按照规定的时限进行认证，并在认证的当月将申报抵扣的数据填入增值税纳税申报表附列资料（表二）第2栏“其中：本期认证相符且本期申报抵扣”。
- 取得的非防伪税控增值税专用发票及其他扣税凭证按规定时限采集，并区别情况分别填入增值税纳税申报表附列资料（表二）第5-8栏。
- 出口转内销的进项税额：外贸企业前期已填入《增值税及附加税费申报表附列资料（二）》的第三部分“待抵扣进项税额”第24栏“本期认证相符且本期未申报抵扣”里的进项税款对应的货物最终改为内销，那么应在该货物内销当月申报抵扣对应的进项税额，即必须在内销当月将有关进项税额由第24栏“本期认证相符且本期未申报抵扣”转入第3栏“前期认证相符且本期申报抵扣”。
此外，当外贸企业取得税务机关出口退税部门开具的《出口货物转内销证明》时，其列明允许抵扣的进项税额填写在《增值税及附加税费申报表附列资料（二）》的第11栏“（五）外贸企业进项税额抵扣证明”。