骑电车扣C1分主要有以下几种原因：
- 驾驶超标电动车或电动摩托车：根据新国标规定，符合标准的电动自行车最高时速不得超过25公里，电机功率不超过400瓦，电池电压不能高于48伏，且具有脚踏骑行功能。超过这个标准的电动车则会被视为电动摩托车或轻便摩托车，属于机动车范畴。C1驾驶证的准驾车型是小型汽车等，不包括电动摩托车或轻便摩托车。若仅持有C1驾照却驾驶这类超标电动车或电动摩托车上路，就属于准驾车型不符，会面临扣C1分的处罚。
- 电动车酒驾：如果骑电动车酒驾，并且车辆被鉴定为不是电动自行车，而是属于机动车范畴的电动摩托车等，那么大概率会按照摩托车酒驾来处罚，C1证会被暂扣，还要面临12分的扣分以及1000-2000元的罚款。
- 骑电动车发生严重交通违法：即使是符合标准的电动自行车属于非机动车，但如果骑行过程中出现非常严重的交通违法行为，如造成严重交通事故且负主要或全部责任等，在一些情况下，可能也会根据具体情况对C1驾照进行扣分等处罚，不过这种情况相对较少。