亳州外贸出口主要通过以下港口：
- 亳州港
- 亳州港综合码头：是亳州地区重要的水运枢纽，拥有先进的装卸设备和完善的物流服务，能够高效处理大宗货物的进出港作业。二期工程旨在进一步提升亳州港的货物吞吐能力和综合服务水平。
- 涡河蒙城港区：地处亳州“黄金水道”涡河右岸，于2024年6月29日通过工程交工验收，新建7个500吨级（水工兼顾1000吨级）泊位及引桥、生产辅助建筑物、道路堆场等配套设施，可新增年吞吐量420万吨。
- 谯城港区韩楼码头：位于谯城区大杨镇韩楼村南边涡河右岸，设计按照两期实施，一期建设500吨级7个泊位，包括1个杂件泊位、4个散装泊位、2个杂货泊位。
- 利辛港区：一期工程位于亳州市利辛县阚疃镇，拟建设12个500-1000吨级泊位，依次布置11个进口泊位和1个散货（粮食）出口泊位，年设计吞吐量650万吨。