日本电车拥堵主要有以下几方面原因：
人口与出行需求方面
- 人口高度密集：东京等大城市人口众多且密度极高。例如东京都区部面积仅2155平方公里，却居住着约3700万人口，人口密度高达6402.6人每平方公里。如此庞大的人口基数，使得出行需求巨大，而电车作为主要交通工具，承载压力极大。
- 通勤人口集中：大量人口居住在城市郊区的“卧城”，如东京周边的许多卫星城，这些居民每天需要涌入市中心的工作区上班。像东京的千代田区，夜间人口仅4万，白天却有100万的庞大人口流入。
交通方式选择方面
- 电车优势明显：电车具有准时性高、票价相对便宜、不受路面交通拥堵影响等优点，这使得它成为大多数日本人，尤其是上班族和学生的首选出行方式。在东京，超过一半的居民选择电车或地铁作为通勤工具。
- 其他交通方式受限：日本的城市道路相对狭窄，私家车出行面临停车难、交通拥堵等问题，成本较高；公交车线路和班次有限，便利性不如电车，且速度较慢；出租车价格昂贵，对于日常通勤来说不是经济的选择。
电车运营与设施方面
- 部分线路车辆定员少：一些电车线路使用的车辆较小或车厢节数少，导致运输能力有限。比如东京的日暮里-舍人线，每列车（5节车厢）的定员仅为252人，远低于能运载1000至1500人的市中心地铁。
- 高峰时段运量不足：在上下班、上下学的高峰时段，出行人数剧增，虽然会增加列车班次，但仍难以满足需求。如日暮里-舍人线早上7点30分至8点30分高峰时段，每小时运行19班列车，运输能力为4788人，而实际运输人数达8187人。
社会文化方面
- 通勤文化影响：日本的企业和学校通常有严格的考勤制度，人们需要准时到达工作或学习地点。电车的准时性让人们依赖它通勤，导致在固定的时间段内，大量乘客集中出行，加剧了电车的拥堵。
- 生活节奏与习惯：日本人生活节奏快，工作时间长，很多人在电车上补觉休息，即使车内拥挤，也不会轻易选择其他出行方式或错峰出行。