有轨电车虽然有诸多优点，但也存在一些缺点，主要体现在以下几个方面：
建设方面
- 建设成本高：有轨电车的建设需要铺设专门的轨道，涉及到道路改造、轨道铺设、供电系统安装以及站点建设等多项工程，前期的基础设施建设投资较大。并且，在建设过程中，需要对城市道路进行开挖等作业，可能会对城市交通和居民生活造成一定的干扰和影响。
- 建设周期长：从规划设计到建成通车，有轨电车项目通常需要较长的时间。这期间可能会受到各种因素的影响，如征地拆迁、施工难度、天气条件以及审批流程等，导致建设进度延迟，不能及时满足城市交通需求。
运营方面
- 运营速度受限：有轨电车通常运行在城市道路中，会受到路口信号灯、行人以及其他车辆的干扰，难以保持较高的运行速度，平均运行速度一般在每小时20-30公里左右，对于长距离出行的乘客来说，可能耗时较长。
- 运营效率受影响：有轨电车一般为中运量，每列可运载1342人，相比地铁等大运量交通工具，其单次运输能力有限。而且有轨电车的发车间隔相对较长，在高峰时段可能无法满足大量乘客的快速疏散需求，导致乘客候车时间较长。
- 灵活性较差：有轨电车需要依赖轨道行驶，路线相对固定，一旦建成后很难进行大规模的调整和改变。如果城市的交通需求发生变化或出现新的发展区域，有轨电车难以快速适应，无法像公交车那样灵活调整线路。
- 受气候影响较大：在恶劣天气条件下，如有轨电车在大雪、暴雨、冰冻等天气时，轨道可能会受到积雪、积水或结冰的影响，导致车辆行驶安全风险增加，甚至可能出现停运的情况，影响居民的正常出行。
其他方面
- 噪音问题：尽管现代有轨电车在降噪技术上有了很大的改进，但在运行过程中仍然会产生一定的噪音，特别是在经过弯道、道岔或加速减速时，车轮与轨道之间的摩擦声以及车辆运行的轰鸣声可能会对沿线居民的生活环境造成一定的干扰。
- 视觉影响：有轨电车的轨道和车辆相对较大，会在一定程度上影响城市道路的景观效果。一些人认为有轨电车的轨道和电线杆等设施会使街道看起来比较杂乱，对城市的美观度有一定的影响。
- 维护成本高：有轨电车的车辆、轨道、供电系统等设备需要定期进行维护和保养，以确保其安全运行和性能稳定。维护工作需要专业的技术人员和设备，且轨道等基础设施的维修难度较大，导致维护成本较高。