日本电车晚点的原因主要有以下几类：
人为因素
- 车内突发状况：车厢内可能出现各种问题，如乘客之间发生争执、有乘客突然急病需要救护、乘客呕吐需要清理、发现可疑物品或人物、发生痴汉行为等，这些情况一般会导致5-15分钟的延迟。
- 线路侵入问题：有人不法侵入路轨，如痴汉逃跑、人员自杀、从月台坠落、脚被列车与月台空隙夹着等，需要确认路轨安全后才能重新开车，往往会造成较长时间的延误。
- 操作失误：司机操作失误也可能导致晚点。比如2024年10月8日晚，千叶市稻毛区的JR稻毛站，一列电车因司机打盹，超过预定停止位置约100米，导致3趟下行列车最多延误约14分钟。
- 信号问题：电车煞车时产生的铁粉等物质或其他原因可能导致信号灯意外变成红色，电车会停下来，直至确认信号灯没问题才会再次开行，通常会延迟10-30分钟。
- 乘客密度大：在高峰时段，电车内过于拥挤，可能会出现乘客身体不适按响紧急制动按钮，或者衣物、背包等被车门夹住等情况，导致列车开关门时间延长，从而引发晚点。
车辆与设备因素
- 车辆故障：车门无法打开或关闭、空调设备故障、车辆异常、紧急通报装置启动等车辆自身的技术问题，若只是简单确认无大碍，可能15分钟左右可解决；但如果需要停驶并更换列车，则可能需要约一个小时。
- 轨道问题：轨道出现损坏、变形、沉降等问题，或者轨道上有异物，如掉落的树枝等，需要进行清理和维修，会造成电车晚点。
- 供电系统故障：供电设备出现故障，如变电站故障、接触网问题等，导致电力供应中断或不稳定，电车无法正常运行。
自然因素
- 恶劣天气：大风、大雨、大雪等恶劣天气会对电车运行产生影响，强风可能使沿线的监测器启动应急机制，导致全线限速行驶甚至封闭线路；大雪可能会覆盖轨道，影响列车的行驶安全和速度；暴雨可能引发洪水、泥石流等灾害，冲毁轨道或淹没车站。
- 地质灾害：日本处于地震带上，地震可能会破坏轨道、桥梁、信号系统等铁路设施，还可能引发山体滑坡等地质灾害，阻塞铁路线路，造成长时间的停运和晚点。
- 动物因素：在一些靠近乡村或山区的线路，可能会发生动物与列车相撞的情况，如鹿等动物跑到铁轨上被列车撞到，影响列车运行。